Ideju o potrebi osnivanja botaničkoga vrta pri Botaničko-fiziološkome zavodu Mudroslovnoga fakulteta pokrenuo je Bohuslav Jiruš, prvi profesor botanike na zagrebačkome sveučilištu, a njegov nasljednik  Antun Heinz ideju je uspio i ostvariti osnovavši Botanički vrt 1889. godine. Te je godine, nakon jednogodišnjeg putovanja i obilaženja europskih botaničkih vrtova, uz pomoć nadvrtlara Viteslava Durhaneka izradio glavni nacrt po kojemu je Vrt oblikovan. Uklopljen je u okvir Zelene potkove Donjega grada u kojem su dominantne osi Vrta povezane s urbanističkim pravcima. U Botaničkom su vrtu krajem 19. stoljeća, istovremeno s uređenjem partera i sadnjom zelenila, izgrađene funkcionalne građevine u skladu s koncepcijom uređenja perivoja. Centralni staklenici za izlagane i pohranu bilja, u središnjem prostoru vrta, i izložbeni paviljon na istočnoj strani parcele, dominantni su elementi reprezentativne arhitekture posebne namjene izgrađeni do 1892. Prethodila je gradnja vrtlarske kuće 1889. a slijedila postava niza objekata perivojne arhitekture, akvarija s vodometom, mostića na jezeru, sjenice, vidikovca i javnog zahoda, u oblicima historicističkih stilova. Portal glavnog ulaza u vrt i ograda izvedeni su 1900. Sjenata šetnica na južnoj međi jedina je novogradnja iz 2020., a postojala je oko rondele. Povijesne građevine u Vrtu obnovljene su pod nadzorom konzervatora.